Zdravim,
uz jsem to rikala na jednem z meetupu, ale katedra genetiky a
mikrobiologie prirodovedecke fakulty UK me pozvala prednaset na temu
DIYBio a vedu mimo vedecke sfery na jejich pravidelne uterni seminare:
https://www.natur.cuni.cz/biologie/genetika/aktuality/seminare-katedry-gene…
Pribrala jsem si jeste Paskyho jako druheho prednasejiciho, prednaska
se bude konat 7. 1. (utery) v prednaskove mistnosti B8 na Vinicne 5 ve
14:50 - lze prijit, akorat tam byva docela narvano.
Mne osobne ochota akademicke sfery s nama komunikovat velice tesi -
urcite planuju na konci prednasky zajemce pozvat prijit se do brmlabu
podivat.
chido
--
http://chidori.or.cz
"I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double Helix
Dear Friend:
We sincerely invite you visit 2015 HK TOYS & GAMES FAIR from 12th-15th January .Our BOOTH NO.: 1C-E23.
Our advantage:
.Update new products every day. forward new catalogue every week.
.100% inspection before packing,15% re-inspection after packing.
.OEM service.
.high quality photo and video can be offered.
.sales data and customs data support.You will know better your market.
.Directly factory price. More profits, competitive in your market.
Please visit our website for products: www.bricstar.en.alibaba.com
Best Regards!
Alice
alice(a)bctoys.cn
Mezz International & BC TOYS
Zkontroloval jsem, ze ve wiki mas pravo externisty, muzes se realizovat.
ruza
On 12/21/2014 10:59 PM, Frantisek Apfelbeck wrote:
> Zdravim ve spolek,
> bude Brmlab a Brmlabstvo pripraveno na serii akci zamerujici se na
> hacking jidla a piti, tak jako v predchozich letech? V patek 2/1 bych
> navrhoval workshop, "prehled probiotickeho kvaseni" by mohl byt prima
> (info natahnu), v sobotu nejaka spolecna vecere, kterou si pripravime
> (tak jako ted v Techincu napriklad
> https://wiki.techinc.nl/index.php/ChristmasParty2014 a v nedeli
> oddechove, individualne.
>
--
e-mail: ruza(a)ruza.eu
www: http://ruza.euhttp://brmlab.cz
fyi
-------- Forwarded Message --------
Return-Path: <denisa.kera(a)gmail.com>
Date: Tue, 23 Dec 2014 12:11:33 +0200
Subject: Re: 23andme dump
From: Denisa Kera <denisa.kera(a)gmail.com>
To: Pavel Ruzicka <ruza(a)ruza.eu>
posledne jsem pouzila prometheasu... nebo se obas podivam na
http://www.snpedia.com/index.php/SNPedia sama...
nic jinyho se s tim neda delat... jedine umeni :-)
jestli si chces vic zahrat s nejakyma novymi projekty tak
http://resilienceproject.me/
nebo udelat citizen science verzi
http://sph.unc.edu/superfund-pages/news-events/news-archives/researchers-us…
nebo UK pry ted ma nejaky novy projekt http://www.personalgenomes.org/uk
ale nemela jsem cas to sledovat...
proste smysl ma citizen science epigeneticka studie, ale bohuzel se toho
vsichni boji....
fyi
-------- Forwarded Message --------
Return-Path: <tomtom.klima(a)centrum.cz>
To: ruza(a)ruza.eu
Subject: Re: [Biolab] 23andme dump
Date: Tue, 23 Dec 2014 00:28:20 +0100
From: tomtom.klima(a)centrum.cz
Zkusil bych http://www.interpretome.com, sám jsem ho nezkoušel ale známý
tam našel nějakou zajímavost u sebe.. otázka jak ot bude průkazný, páč
jestli se ti to liší takovým způsobem, mohlo by to být zajímavé :)
A tady nějaký seznam na prozkoumání:
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_tools
Tom
Ahoj,
uz delsi dobu se chci zeptat zda mate nejake zkusenosti, pripadne napady
co by se dalo delat s raw daty z analyzy od 23andme. Podle filozofie ze
DNA data patri tomu kdo je po tomhle svete nosi, mam jako jejich
zakaznik k dispozici dump v textove podobe (priklad formatu viz nize).
Mam jeden dump z roku 2011 (human assembly build 36) a druhy z 2014
(build 37), kazdy ma temer milion radku, prekvapilo me ze se lisi temer
ve vsech radcich:
ruza@azur:~/tmp/23andme/$ wc -l *txt
1927398 sorted.diff.txt
966992 genome_Pavel_Ruzicka_Full_20110125063125.txt
960629 genome_Pavel_Ruzicka_Full_20141220071038.txt
Nekde jsem kdysi videl seznam alternativnich software ktere tenhle
format umi cist, nektere byly snad i open source .. nez abych zkousel
vsechno co najdu na internetu (Promethease je treba placena sluzba)
necham si neco doporucit, pripadne vas napadne neco co mne ne? ;)
ruza
# This data file generated by 23andMe at: Sat Dec 20 07:10:38 2014
#
# Below is a text version of your data. Fields are TAB-separated
# Each line corresponds to a single SNP. For each SNP, we provide its
identifier
# (an rsid or an internal id), its location on the reference human
genome, and the
# genotype call oriented with respect to the plus strand on the human
reference sequence.
# We are using reference human assembly build 37 (also known as
Annotation Release 104).
# Note that it is possible that data downloaded at different times may
be different due to ongoing
# improvements in our ability to call genotypes. More information about
these changes can be found at:
# https://www.23andme.com/you/download/revisions/
#
# More information on reference human assembly build 37 (aka Annotation
Release 104):
# http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9606
#
# rsid chromosome position genotype
rs4477212 1 82154 AA
rs3094315 1 752566 AA
rs3131972 1 752721 GG
rs12124819 1 776546 AA
rs11240777 1 798959 AG
...
rs28503286 X 62321 CC
i5900247 X 66426 TT
rs28696811 X 92130 GG
rs6423165 X 169805 AA
...
rs5920024 X 145234227 A
rs7884816 X 145240709 T
rs5920027 X 145240758 A
rs9306713 X 145245430 T
rs5966055 X 145255283 T
...
rs2563086 Y 5057581 C
rs2563090 Y 5058273 --
rs2571870 Y 5060411 --
rs2571872 Y 5060531 --
rs35572756 Y 5060608 T
...
i4000691 MT 16488 C
i3001927 MT 16497 A
i4000690 MT 16518 G
rs3937033 MT 16519 C
i3001542 MT 16520 C
--
e-mail: ruza(a)ruza.eu
www: http://ruza.euhttp://brmlab.cz
Ahoj,
premyslim, ze bych mozna pristi (predvanocni) nedeli odpoledne (nebo
mene rad v patek/sobotu) zkusil urcovat obsah teinu v pu-erhu, jak jsme
o tom jiz diskutovali. (Zda se, ze neni definitivni shoda, zda je ho
tam vice / stejne / mene nez v "obycejnych" cajich, tedy zda pusobi vice
nebo mene povzbudive nez normalni caj.)
Klicova otazka ovsem je, zda by na to mel nekdo cas, kdyz uz bude
tesne pred Vanoci - zejmena nekdo z pravidelnych chemlabaku, kteri by mi
mohli pomoci s metodami. Budete nekdo moct?
(I pokud se ozvou lidi, zatim neni 100% jiste, ze to usporadam.
Pokud se to nepovede, dalsi termin je pro mne pak az nekdy od kvetna
dal, po novem roce uz to asi nestihnu. Coz mne osobne nejak zasadne
nevadi, jen FYI.)
--
Petr Baudis
If you do not work on an important problem, it's unlikely
you'll do important work. -- R. Hamming
http://www.cs.virginia.edu/~robins/YouAndYourResearch.html
Ahoj,
k makroskopu je nyní opět k dispozici funkční foťák. Ještě je potřeba
dodělat některé mechanické (1) a softwareové (2) záležitosti ale při
troše snahy se dá už teď používat.
Ukázka fotky je zde
http://disk.jabbim.cz/master_up@njs.netlab.cz/2014-12-19T01_33_07.tif
Malinko jsem ji upravil a trochu zmenšil rozlišení, originál je na
makroskopu.
Kdo uhodne nebo se nejblíž přiblíží k tomu co je na fotce má u mě
Club-maté nebo pivo (3),
svoje tipi spamujte na mailinglist. Konec soutěže je v neděli 12:00 UTC.
(1) Je potřeba udělat pro něj rozumné upevnění a vytvořit tunel/objektiv
aby do snímku nelezlo vnější světlo (chce to někdo zkusit?)
(2) Je potřeba rozchodit software který umí využít liveview aby se dalo
doostřovat bez přepínání mezi počítačem a okulárem
(3) Poskytovatel vzorku se soutěže účastnit nemůže ale toto mu bude
dodatečně kompenzováno.
P
Ahojte,
donesla jsem dalsi 5L kanistr destilky. Stale plati, prazdne mi nechavejte
v biolabu na stole.
chido
--
http://chidori.or.cz
"I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double
Helix