Biolab

biolab@brmlab.cz

648 discussions

Fwd: Re: 23andme dump
by Pavel Ruzicka 23 Dec '14

23 Dec '14

fyi -------- Forwarded Message -------- Return-Path: <denisa.kera(a)gmail.com> Date: Tue, 23 Dec 2014 12:11:33 +0200 Subject: Re: 23andme dump From: Denisa Kera <denisa.kera(a)gmail.com> To: Pavel Ruzicka <ruza(a)ruza.eu> posledne jsem pouzila prometheasu... nebo se obas podivam na http://www.snpedia.com/index.php/SNPedia sama... nic jinyho se s tim neda delat... jedine umeni :-) jestli si chces vic zahrat s nejakyma novymi projekty tak http://resilienceproject.me/ nebo udelat citizen science verzi http://sph.unc.edu/superfund-pages/news-events/news-archives/researchers-us… nebo UK pry ted ma nejaky novy projekt http://www.personalgenomes.org/uk ale nemela jsem cas to sledovat... proste smysl ma citizen science epigeneticka studie, ale bohuzel se toho vsichni boji....

1 0

Fwd: Re: 23andme dump
by Pavel Ruzicka 23 Dec '14

23 Dec '14

fyi -------- Forwarded Message -------- Return-Path: <tomtom.klima(a)centrum.cz> To: ruza(a)ruza.eu Subject: Re: [Biolab] 23andme dump Date: Tue, 23 Dec 2014 00:28:20 +0100 From: tomtom.klima(a)centrum.cz Zkusil bych http://www.interpretome.com, sám jsem ho nezkoušel ale známý tam našel nějakou zajímavost u sebe.. otázka jak ot bude průkazný, páč jestli se ti to liší takovým způsobem, mohlo by to být zajímavé :) A tady nějaký seznam na prozkoumání: http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_tools Tom

1 0

23andme dump
by Pavel Ruzicka 23 Dec '14

23 Dec '14

Ahoj, uz delsi dobu se chci zeptat zda mate nejake zkusenosti, pripadne napady co by se dalo delat s raw daty z analyzy od 23andme. Podle filozofie ze DNA data patri tomu kdo je po tomhle svete nosi, mam jako jejich zakaznik k dispozici dump v textove podobe (priklad formatu viz nize). Mam jeden dump z roku 2011 (human assembly build 36) a druhy z 2014 (build 37), kazdy ma temer milion radku, prekvapilo me ze se lisi temer ve vsech radcich: ruza@azur:~/tmp/23andme/$ wc -l *txt 1927398 sorted.diff.txt 966992 genome_Pavel_Ruzicka_Full_20110125063125.txt 960629 genome_Pavel_Ruzicka_Full_20141220071038.txt Nekde jsem kdysi videl seznam alternativnich software ktere tenhle format umi cist, nektere byly snad i open source .. nez abych zkousel vsechno co najdu na internetu (Promethease je treba placena sluzba) necham si neco doporucit, pripadne vas napadne neco co mne ne? ;) ruza # This data file generated by 23andMe at: Sat Dec 20 07:10:38 2014 # # Below is a text version of your data. Fields are TAB-separated # Each line corresponds to a single SNP. For each SNP, we provide its identifier # (an rsid or an internal id), its location on the reference human genome, and the # genotype call oriented with respect to the plus strand on the human reference sequence. # We are using reference human assembly build 37 (also known as Annotation Release 104). # Note that it is possible that data downloaded at different times may be different due to ongoing # improvements in our ability to call genotypes. More information about these changes can be found at: # https://www.23andme.com/you/download/revisions/ # # More information on reference human assembly build 37 (aka Annotation Release 104): # http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9606 # # rsid chromosome position genotype rs4477212 1 82154 AA rs3094315 1 752566 AA rs3131972 1 752721 GG rs12124819 1 776546 AA rs11240777 1 798959 AG ... rs28503286 X 62321 CC i5900247 X 66426 TT rs28696811 X 92130 GG rs6423165 X 169805 AA ... rs5920024 X 145234227 A rs7884816 X 145240709 T rs5920027 X 145240758 A rs9306713 X 145245430 T rs5966055 X 145255283 T ... rs2563086 Y 5057581 C rs2563090 Y 5058273 -- rs2571870 Y 5060411 -- rs2571872 Y 5060531 -- rs35572756 Y 5060608 T ... i4000691 MT 16488 C i3001927 MT 16497 A i4000690 MT 16518 G rs3937033 MT 16519 C i3001542 MT 16520 C -- e-mail: ruza(a)ruza.eu www: http://ruza.eu http://brmlab.cz

2 2

ŠVÁBI - Takto se jich zbavíš
by Ign�c Soukup 22 Dec '14

22 Dec '14

1 0

Tein v Pu-erhu - pristi vikend?
by Petr Baudis 19 Dec '14

19 Dec '14

Ahoj, premyslim, ze bych mozna pristi (predvanocni) nedeli odpoledne (nebo mene rad v patek/sobotu) zkusil urcovat obsah teinu v pu-erhu, jak jsme o tom jiz diskutovali. (Zda se, ze neni definitivni shoda, zda je ho tam vice / stejne / mene nez v "obycejnych" cajich, tedy zda pusobi vice nebo mene povzbudive nez normalni caj.) Klicova otazka ovsem je, zda by na to mel nekdo cas, kdyz uz bude tesne pred Vanoci - zejmena nekdo z pravidelnych chemlabaku, kteri by mi mohli pomoci s metodami. Budete nekdo moct? (I pokud se ozvou lidi, zatim neni 100% jiste, ze to usporadam. Pokud se to nepovede, dalsi termin je pro mne pak az nekdy od kvetna dal, po novem roce uz to asi nestihnu. Coz mne osobne nejak zasadne nevadi, jen FYI.) -- Petr Baudis If you do not work on an important problem, it's unlikely you'll do important work. -- R. Hamming http://www.cs.virginia.edu/~robins/YouAndYourResearch.html

7 12

foťák k makroskopu funkční - hádejte co je ta zelená věc
by Jiří Pinkava 19 Dec '14

19 Dec '14

Ahoj, k makroskopu je nyní opět k dispozici funkční foťák. Ještě je potřeba dodělat některé mechanické (1) a softwareové (2) záležitosti ale při troše snahy se dá už teď používat. Ukázka fotky je zde http://disk.jabbim.cz/master_up@njs.netlab.cz/2014-12-19T01_33_07.tif Malinko jsem ji upravil a trochu zmenšil rozlišení, originál je na makroskopu. Kdo uhodne nebo se nejblíž přiblíží k tomu co je na fotce má u mě Club-maté nebo pivo (3), svoje tipi spamujte na mailinglist. Konec soutěže je v neděli 12:00 UTC. (1) Je potřeba udělat pro něj rozumné upevnění a vytvořit tunel/objektiv aby do snímku nelezlo vnější světlo (chce to někdo zkusit?) (2) Je potřeba rozchodit software který umí využít liveview aby se dalo doostřovat bez přepínání mezi počítačem a okulárem (3) Poskytovatel vzorku se soutěže účastnit nemůže ale toto mu bude dodatečně kompenzováno. P

2 2

destilka
by Radka Haneckova 18 Dec '14

18 Dec '14

Ahojte, donesla jsem dalsi 5L kanistr destilky. Stale plati, prazdne mi nechavejte v biolabu na stole. chido -- http://chidori.or.cz "I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double Helix

2 1

kapalný dusík
by Jiří Pinkava 18 Dec '14

18 Dec '14

Ahoj, sehnal jsem na silvestra 5l kapalného N2, na trochu srandy by to mělo stačit. Může se dělat zmrzlina, ale pokud máte někdo lepší nápad, napište ho (mě nebo na wiki). https://brmlab.cz/event/silvester2014 P

3 2

foťák makroskop 450D
by Jiří Pinkava 16 Dec '14

16 Dec '14

Ahoj, máme foťák k makroskopu, vypadá že by mohl fungovat ale. - je potřeba udělat dummy baterii kvůli napájení (zkusil by jste to někdo prosím?) - je potřeba ho nainstalovat (zařídím) P

1 0

PCR
by Blandria Almighty 09 Dec '14

09 Dec '14

Ahojda, tak už jsem se subscribnula :-) Jak to vypadá s PCR? Barney

2 1

← Newer
1
...
54
55
56
57
58
59
60
...
65
Older →

Jump to page:

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

Biolab