---------- Forwarded message ----------
From: Radek Pilar <mrkva@mrkva.eu>
Date: 2014-11-26 1:11 GMT+01:00
Subject: Elektroforeza info
To: Radka Haneckova <chidori@emptytriangle.com>, Jiří Dluhoš <jiri.bluebear.dluhos@gmail.com>, Blandria Almighty <blandrium@gmail.com>


Ahojte,
posilam mensi rekapitulaci pokusu s elektroforezou - zvlast pro Blanku,
nevim jestli jsi nejake info od soboty dostala. Jestli jo, omlouvam se
za zbytecnou redundanci informaci.

Kazdopadne, v sobotu jsme zkouseli elektroforezu s tou barvickou co nam
zbyla z rijnove session a nevyslo to vubec. Zkusili jsme z koncentratu
namichat novy sybr a gel znovu obarvit ale to uz se nepovedlo. Zbytek
barvicky jsme ulozili do nedele.

V nedeli jsme s chido zkusili jeste jeden gel a pouzili sobotni roztok
sybru v TAE. Opet prakticky neuspesne (byl videt kousek jednoho prouzku,
jinak nic). Potom jsem jeste zkusil do zbytku vzorku DNA pridat:
 - 50ul TAE + 1ul sybr - svitil
 - 50ul TAE + 1ul EtBr - svitil pomerne jasne, viditelny i bez filtru
 - 150uL TAE + sybr (to cim jsme se pokouseli barvit gel) - nesvitil vubec

Nasledne jsem zkusil gel doobarvit v roztoku EtBr (0.5ug/ml), ani po
hodine a pul se nic nezmenilo.

Behem pondelka jsme konecne prisli na to ze v manualu k barvice je jen
jakoby mimochodem zmineno ze sklo je nejhorsi material ve kterem se to
da skladovat.

Dneska jsem zkusil jeste jeden gel, rozriznul na pulku, jednu vrazil do
cerstve namichaneho sybru - bohuzel asi jen 20ml a jeste k tomu lehce
slabsi nez ma byt (mohlo tam byt tak 1.5-2ul) - tech 500ul se mi
rozmrazovat nechtelo. Druha pulka sla do nedelniho roztoku EtBr.

Vysledky nebyly zadna hitparada EtBr se nechytal vubec, vzhledem k tomu
ze v nedeli mimo gel fungoval naprosto netusim proc to tentokrat
neproslo - mozna malo DNA ve vzorku?

Sybr byl videt docela dobre i bez filtru ale tak jasne jako kdyz jsme to
zkouseli s sachyho laserem to nesvitilo (laser mel skoro vybite baterky
takze svitil zhruba stejne jako LEDky a i sybr fluoreskoval zhruba
srovnatelne). Fotku bohuzel nemam, nedarilo se mi zaostrit.

Co se filtru tyka, folie chodila o dost lepe nez ten filtr z infrapajky
co jsme pouzivali minule, idealni mi prisly 2 vrstvy pres sebe.

Kazdopadne, stav je takovy ze:
 a) nechodi nam EtBr, netusim proc. Mozna kdyby se pridala barvicka
rovnou do gelu by to fungovalo lip.
 b) vysledky z barveni Sybrem taky nejsou takove jake bych cekal
 c) co se mnozstvi gelu tyka, zkousel jsem 20ml a to uz bylo docela na
hrane co se tyka pouzitelnosti, 30ml bude podle me optimum.
 d) sybr *vazne* nema rad sklo, vypada to ze 24h ve sklenene lahvicce v
lednicce stacily na kompletni likvidaci
 e) vanicka na elektroforezu porad tece a nemuzu prijit na to kudy...

Ad b) - tady bych cekal ze to muze zpusobene trosku nizsi koncentraci
nez je doporuceno. Druha moznost je male mnozstvi DNA ve vzorku (to by
rozumne vysvetlovalo i a) )... Kdo vi, mame asi jeste co zkouset.

Ad e) ted me napadlo ze nejjednodussi bude ji ponorit do umyvadla plnem
vody dnem vzhuru, ach jo.

Do pristi akce zkusim nekde vyhrabat svuj stary kompakt Canon ktery by
mel umet i rucni nastavovani parametru expozice a fotit do RAWu, pokud
se osvedci klidne ho v labu pro tohle pouziti necham.

Mrkva