Ahoj,
me by docela vyhovoval pristi vikend.

Co s agarozou? odhaduju ze ji tam mame tak na 2-4 gely, vic asi ne. Bude
nam to stacit nebo mam zkusit nekde sehnat?

M

On 12/04/2014 10:08 PM, Radka Haneckova wrote:
> Ahojte,
>
> presouvam diskusi o nasem projektu na biolab mailing list.
> Mam taky update: protoze elektroforeza nam vicemene chodi, a
> transiluminator taky, chtela bych prikrocit k dalsimu kroku - testrun
> openPCR. Minule jsme termocykler pousteli naprazdno a jel. Chtela bych
> ted otestovat zda a) je schopen uspesne udelat PCR a b) ten mastermix z
> openbiotechu je funkcni. Za tymto ucelem je vhodne sjet PCR z nejakeho
> dobre definovaneho templatu s primerama ktere jsou overene funknci. Mam
> z prace zbyle hodne naredene pTracer plazmidy
> https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/V88520 a par
> primeru ktere jsem pred lety navrhla amplifikujici GFP+BSD kazetu z toho
> plazmidu. Delaji produkt kolem 1800 bp a vzdycky mi jeli bez problemu.
> Myslim ze to je idealni na testovani. Tak az se domluvime na termine,
> muzem to zkusit sjet.
> Materialy donesu, mapy, protokol a sekvence dam na KpnI.
>
> chido​​
>
>
>
> ---------- Forwarded message ----------
> From: *Radek Pilar* <mrkva@mrkva.eu <mailto:mrkva@mrkva.eu>>
> Date: 2014-11-26 1:11 GMT+01:00
> Subject: Elektroforeza info
> To: Radka Haneckova <chidori@emptytriangle.com
> <mailto:chidori@emptytriangle.com>>, Jiří Dluhoš
> <jiri.bluebear.dluhos@gmail.com

> <mailto:jiri.bluebear.dluhos@gmail.com>>, Blandria Almighty
> <blandrium@gmail.com <mailto:blandrium@gmail.com>>
>
>
> Ahojte,
> posilam mensi rekapitulaci pokusu s elektroforezou - zvlast pro Blanku,
> nevim jestli jsi nejake info od soboty dostala. Jestli jo, omlouvam se
> za zbytecnou redundanci informaci.
>
> Kazdopadne, v sobotu jsme zkouseli elektroforezu s tou barvickou co nam
> zbyla z rijnove session a nevyslo to vubec. Zkusili jsme z koncentratu
> namichat novy sybr a gel znovu obarvit ale to uz se nepovedlo. Zbytek
> barvicky jsme ulozili do nedele.
>
> V nedeli jsme s chido zkusili jeste jeden gel a pouzili sobotni roztok
> sybru v TAE. Opet prakticky neuspesne (byl videt kousek jednoho prouzku,
> jinak nic). Potom jsem jeste zkusil do zbytku vzorku DNA pridat:
>  - 50ul TAE + 1ul sybr - svitil
>  - 50ul TAE + 1ul EtBr - svitil pomerne jasne, viditelny i bez filtru
>  - 150uL TAE + sybr (to cim jsme se pokouseli barvit gel) - nesvitil vubec
>
> Nasledne jsem zkusil gel doobarvit v roztoku EtBr (0.5ug/ml), ani po
> hodine a pul se nic nezmenilo.
>
> Behem pondelka jsme konecne prisli na to ze v manualu k barvice je jen
> jakoby mimochodem zmineno ze sklo je nejhorsi material ve kterem se to
> da skladovat.
>
> Dneska jsem zkusil jeste jeden gel, rozriznul na pulku, jednu vrazil do
> cerstve namichaneho sybru - bohuzel asi jen 20ml a jeste k tomu lehce
> slabsi nez ma byt (mohlo tam byt tak 1.5-2ul) - tech 500ul se mi
> rozmrazovat nechtelo. Druha pulka sla do nedelniho roztoku EtBr.
>
> Vysledky nebyly zadna hitparada EtBr se nechytal vubec, vzhledem k tomu
> ze v nedeli mimo gel fungoval naprosto netusim proc to tentokrat
> neproslo - mozna malo DNA ve vzorku?
>
> Sybr byl videt docela dobre i bez filtru ale tak jasne jako kdyz jsme to
> zkouseli s sachyho laserem to nesvitilo (laser mel skoro vybite baterky
> takze svitil zhruba stejne jako LEDky a i sybr fluoreskoval zhruba
> srovnatelne). Fotku bohuzel nemam, nedarilo se mi zaostrit.
>
> Co se filtru tyka, folie chodila o dost lepe nez ten filtr z infrapajky
> co jsme pouzivali minule, idealni mi prisly 2 vrstvy pres sebe.
>
> Kazdopadne, stav je takovy ze:
>  a) nechodi nam EtBr, netusim proc. Mozna kdyby se pridala barvicka
> rovnou do gelu by to fungovalo lip.
>  b) vysledky z barveni Sybrem taky nejsou takove jake bych cekal
>  c) co se mnozstvi gelu tyka, zkousel jsem 20ml a to uz bylo docela na
> hrane co se tyka pouzitelnosti, 30ml bude podle me optimum.
>  d) sybr *vazne* nema rad sklo, vypada to ze 24h ve sklenene lahvicce v
> lednicce stacily na kompletni likvidaci
>  e) vanicka na elektroforezu porad tece a nemuzu prijit na to kudy...
>
> Ad b) - tady bych cekal ze to muze zpusobene trosku nizsi koncentraci
> nez je doporuceno. Druha moznost je male mnozstvi DNA ve vzorku (to by
> rozumne vysvetlovalo i a) )... Kdo vi, mame asi jeste co zkouset.
>
> Ad e) ted me napadlo ze nejjednodussi bude ji ponorit do umyvadla plnem
> vody dnem vzhuru, ach jo.
>
> Do pristi akce zkusim nekde vyhrabat svuj stary kompakt Canon ktery by
> mel umet i rucni nastavovani parametru expozice a fotit do RAWu, pokud
> se osvedci klidne ho v labu pro tohle pouziti necham.
>
> Mrkva
>
>
>
> --
> http://chidori.or.cz
> "I was twenty-five and too old to be unusual."    James Watson, The
> Double Helix
>
>

> _______________________________________________
> Biolab mailing list
> Biolab@brmlab.cz
> https://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
>


_______________________________________________
Biolab mailing list
Biolab@brmlab.cz
https://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab