Zdravim ve spolek, dik Kyknos ze jsi pripomnel ten inkubator, jak to s nim vypada? Jako Food Hacking Base ted zaciname testovat nove forum a pozvanku na inkubator mailing list jsem Ti/Vam verim jiz poslal, je to tak? incubator@lists.foodhackingbase.org incubator-subscribe@lists.foodhackingbase.org forum
http://lab.foodhackingbase.org
Co se tyce biolabu a pracovni plochy, prosel jsem cast emailu a neni mi zcela jasne proc je tak dulezita separace pracovnich ploch mezi chemii a bio, muzete se zopakovat? Je tam nejaky specificky duvod jako nedostatek casu pro obe skupiny ci tak? V rade labu co jsem zatim delal jsme meli pridelenou bench pro daneho vyzkumnika a museli jsme na ni odmakat od enzymatickych reakci po denaturaci bilkovin, zkratka vsechno mozne. Tvrda chemie (konentrovana kyselina sirova a dalsi) byla v chemicke digestori, inokulace mikrobu atd. se delali "digestori" na bio, ale vse mezi zkratka na stejnem pracovni plose a rada z tech veci byla pekna svinstva jako DNS etc.
Jinak receno pokud je pracovni plocha omezena, pak je mozna na ni nutno delat vice veci, ale musi se pak clovek snazit ji radne udrzovat. Samozrejme problemem muze byt kdo co kdy dela, plus kde to pak necha kdyz dany experiment bezi nekolik dni ci tak, pracovni plocha by samozrejme mela zustat tak cista jak mozno. Osobne bych spis doporucil jednu pracovni plochu, ale dve digestore jednu pro tvrdou chemii a jednu pro bio, to by mi prislo optimalnejsi.
Jsem zvedav jak to zvladnete, hlavne se nejak hezky dohodnete :-) Rozhodne co se tyce inkubatoru, tak se tesim na diskuze a vzajemnou podporu v "progressu".
Mejte se prima,
Ahoj, Frantisek Algoldor Apfelbeck
biotechnologist&kvasir and hacker
http://www.frantisekapfelbeck.org
"There is no way to peace, peace is the way." Mohandas Karamchand Gandhi
On Sunday, March 16, 2014 4:35 AM, Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com wrote:
druhy rozestaveny je po frantiskovi... elektronika i material na izolaci
a ono take ale asi potrebujeme dva (klasika 37 na e coli apod a nejaky studenejsi) Jakub "Kyknos" Friedl
2014-03-15 20:32 GMT+01:00 Radka Haneckova chidori@emptytriangle.com:
inkubator tam je rozestaveny, koupila jsem za tim ucelem tu autolednici. akorat ho treba dostavet. muzes se do toho pustit :) pasky ma k tomu tusim taky nakoupene teplotni cidla, ale tim si nejsem jista. co se racku tyce, asi se s tim obrat na brmlab mailing list nebo irc, urcite se vypocetny prostor najde. diky za ty specifikace!
2014-03-15 20:29 GMT+01:00 Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com:
ad optimalizace mista kvuli serverovne:
v biolabu v soucasnosti stoji nekolik dulezitych veci kvuli prostoru - potrebujeme lednici, potrebujeme inkubator, potrebujeme flowbox nebo jiny sterilni prostor.... a uz tak tam neni k hnuti... pokud se podari neco zoptimalizovat, melo by tam prijit neco z toho co ceka na misto uz dlouho a je potrebne pro biolab, ne digestor
ad pocitac:
v racku asi muzu, jestli tam je neco, co muzu okupovat
nicmene i na bezne uziti to chce slusny pocitac, treba zpracovani obrazu z mikroskopu...
co se parametru tyce, asi hlavne slusna RAM (4GB mi dnes prijde jako obsolutni minimum, 16 GB jako rozumna velikost)
Jakub "Kyknos" Friedl
2014-03-15 20:24 GMT+01:00 Radka Haneckova chidori@emptytriangle.com:
muzes prosim stejne napsat jake parametre potrebujes? treba neco sezenu, nebo se poda grant, ale musim vedet co od toho pocitaca potrebujes. pocitat bioinformatiku muzes podle mne i v necem vykonnejsim v racku, ne?
2014-03-15 20:22 GMT+01:00 Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com:
chtel jsem tam pocitat nejakou bioinformatiku, imho vhodny notebook by byl nesmyslne drahy Jakub "Kyknos" Friedl
2014-03-15 20:21 GMT+01:00 Radka Haneckova chidori@emptytriangle.com:
muzes prosim specifikovat minimalni parametre? podle toho budu zhanet.
2014-03-15 20:17 GMT+01:00 Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com:
pokud bude dost vykonny..., ten stavajici pocitac potreboval zupgradeovat aby se dal pouzivat, a ne naopak Jakub "Kyknos" Friedl
2014-03-15 20:16 GMT+01:00 Radka Haneckova chidori@emptytriangle.com: > pocitac tam urcite zustane, akorat to mozna bude spis notebook nez krabice. > > 2014-03-15 20:03 GMT+01:00 Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com: >> myslim, ze pocitac je dost esencialni >> >> ale vzhledem k bordelu, ktery v biolabu panuje a stale snaze ho >> zlikvidovat, je asi stejne veskera snaha marna >> >> zacina mi byt lito energie, ktere jsem do toho investoval >> Jakub "Kyknos" Friedl >> >> >> 2014-03-14 15:31 GMT+01:00 Jiří Pinkava j-pi@seznam.cz: >>> mám volné jedno VIA APC, ale obávám se že ani to nebude výkonově dostačující >>> (na brouzdání po netu to ale stačí) >>> >>> btw. nevím jestli už je opravený debian aby tam běhal spolehlivě ... >>> >>> >>> Dne 14.3.2014 15:19, Peter Boráros napsal(a): >>>> Asi by som mohol poskytnut jedno raspbery pi ak bude treba, neviem ci to >>>> bude na monotorovanie bude stacit - inak monitoring by sa hodil i pre chem. >>>> experimenty. >>>> >>>> >>>> -pB >>>> >>>> >>>> 2014-03-14 15:14 GMT+01:00 Radka Haneckova chidori@emptytriangle.com: >>>> >>>>> 2014-03-14 15:05 GMT+01:00 Jiří Pinkava j-pi@seznam.cz: >>>>>> hlavně se dobře vylež, počkáme na tebe! >>>>>> >>>>>> Dne 14.3.2014 14:17, Radka Haneckova napsal(a): >>>>>>> to zni zajimave :) na to fakt digestor treba, to chapu. >>>>>>> >>>>>>> nemyslim si ze oddeleny prostor je uplne nemozny (povedlo se mi >>>>>>> vytahnout uz tolik mista navic v tech peti metrech ctverecnych ze >>>>>>> zacinam podezrivat biolab z casoprostorove anomalie :)) >>>>>> Myslel jsem že tohle vzniká jen při extrémním nakumulování hmoty (černá >>>>>> díra) nebo knih. >>>>>> >>>>>>> myslim ze obetovat dalsi kus kuchynky neni dobry napad - pouziva ji >>>>>>> vetssina brmlabaku a uz ted je tam zalostne malo mista. >>>>>>> nejak se vejdeme i s digestorem, oddelenou pracovnou plochu pro >>>>>>> bioveci udelame vzadu v rohu, nejak to pujde. >>>>>>> zkusim v utery prijit na meetup to probrat osobne. >>>>>> Jasně, osobně je to lepší. >>>>>> >>>>>> Jen ještě nadhodím téma: v biolabu je počítač, je tam potřeba když máme >>>>>> všichni notebooky? >>>>> presne tohle me napadlo. jednak ja jsem tehdy jeste notebook nemela >>>>> (ted mam) a jednak zas vsichni ne. >>>>> hlavny duvod proc tam je (a chci aby byl) permanentni stroj je za >>>>> ucelem monitorovani experimentu - pripojit kameru, nebo ten tepelny >>>>> senzor co nam udelal Nephirus - to je pri biologickych experimentech >>>>> dost zasadni a potrebne, a nechat tam vlastni notebook na par dni a >>>>> tydnu je dost problem. >>>>> ale stejne by slo vymyslet neco co zabera min prostoru - a slo by na >>>>> to nainstalovat veci typu DNA manazovaci softver, pymol atd a mohlo by >>>>> to tam byt k pouziti - treba sehnat nejaky levny used erarni notebook. >>>>> kdysi byl takhle jeden k dispozici v socroomu. >>>>> >>>>>>> ch >>>>>>> >>>>>>> 2014-03-14 14:02 GMT+01:00 Jiří Pinkava j-pi@seznam.cz: >>>>>>>> Ahoj >>>>>>>> >>>>>>>> dík, za připomínku. Bohužel se musíš stále opakovat, protože si prostě >>>>>>>> spoustu věcí nepamatuju. >>>>>>>> Ten oddělený pracovní prostor je teď bohužel nemožný, jediné o co se >>>>>>>> snažíme je držet ho vyklizený a čistý ... >>>>>>>> Jste moc hodní že nás tam tolerujete. >>>>>>>> >>>>>>>> Máme teď v plánu zkusit pár extrakcí s tetrachlorethylenem (něco jako >>>>>>>> chloroform, chová se prakticky stejně). >>>>>>>> Děláme to všechno pod zpětným chladiček atp., ale mám strach aby se tam >>>>>>>> přeci jen výpary nekumulovali ... >>>>>>>> Bohužel není žádná rozumná možnost se posunout kamkoliv jinam kvůli >>>>>>>> přívodu vody na chlazení. >>>>>>>> >>>>>>>> Pokud bude ta místnost dole, nečekám že bude použitelná dříve než za >>>>> 3-6 >>>>>>>> měsíců, ba co víc bojím se že >>>>>>>> nebude dost lidí nadšených dost dlouho na to aby se to tam vůbec >>>>> rozjelo ... >>>>>>>> Hlavním cílem je inkrementální rozvoj, na revoluce moc nevěřím, na >>>>>>>> čekání ještě méně. >>>>>>>> >>>>>>>> Samozřejmě není vůbec problém počkat týden, dva nebo i tři ... >>>>>>>> >>>>>>>> Pinky. >>>>>>>> >>>>>>>> Dne 14.3.2014 13:26, Radka Haneckova napsal(a): >>>>>>>>> prostor o kterem mluvis je vyhrazen pro praci s biologickymi vzorkami, >>>>>>>>> a jak jsem spominala uz v drivejsim mailu, moje jedina podminka pro >>>>>>>>> spojeni chemlabu a biolabu jsou oddelene pracovne plochy. v soucasnem >>>>>>>>> biolabu je ta pracovni plocha jenom jedna, ten bily stul za rohem. >>>>>>>>> nemuzete zkusit vymyslet alternativu aby nadale zustala zachovana >>>>>>>>> oddelena pracovni plocha pro biolab a pridelat digestor jinam? obavam >>>>>>>>> se ze tomu omezeny prostor biolabu dost zabranuje, ale neprijde mi >>>>>>>>> prilis fer vzit nam jedinou plochu ktera tam je... proc je problem >>>>>>>>> pockat na nove prostory? proc tak surne potrebujete uz ted ten >>>>>>>>> digestor? planujete nejaky konkretni experiment? :) >>>>>>>>> snad to pujde nejak vymyslet... >>>>>>>>> >>>>>>>>> chido >>>>>>>>> >>>>>>>>> 2014-03-14 13:16 GMT+01:00 Jiří Pinkava j-pi@seznam.cz: >>>>>>>>>> Ahoj, >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> než se něco udělá s místností dole bude to chvíli trvat proto: >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> chemlab potřebuje digestoř už teď a proto jsme udělali návrh toho >>>>> jak ji >>>>>>>>>> vměstnat do současného biolabu a chtěli bychom vás poprosit o >>>>> kritiku. >>>>>>>>>> - digestoř by byla "nadstavbou" současného stolu který je u vchodu >>>>> do >>>>>>>>>> biolabu (zcela minimální ztráta prostoru) >>>>>>>>>> - odsávání rourou ven přez hwlab (je potřeba vyklepnout jednu >>>>> skleněnou >>>>>>>>>> cihlu pro trubu, ale vývod ven skrz okno už je hotový!) >>>>>>>>>> - kvůli přívodu vody by bylo strategičtější přehodit stůl a polici >>>>>>>>>> naproti stolu a příslušně upravit vchod >>>>>>>>>> (pro případné rozhodování doporučuji zajít do biolabu s metrem (a >>>>> se >>>>>>>>>> mnou, aby nedošlo k desinterpretaci myšlenky)) >>>>>>>>>> - konstrukce je vymyšlena tak aby šla následně přesunout dolů >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Pinky. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>> Biolab mailing list >>>>>>>>>> Biolab@brmlab.cz >>>>>>>>>> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab >>>>>>>>>> >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> Biolab mailing list >>>>>>>> Biolab@brmlab.cz >>>>>>>> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab >>>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> Biolab mailing list >>>>>> Biolab@brmlab.cz >>>>>> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab >>>>> >>>>> >>>>> -- >>>>> http://chidori.or.cz >>>>> "I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double >>>>> Helix >>>>> _______________________________________________ >>>>> Biolab mailing list >>>>> Biolab@brmlab.cz >>>>> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
>>>>> >>>> >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> Biolab mailing list >>>> Biolab@brmlab.cz >>>> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab >>> >>> _______________________________________________ >>> Biolab mailing list >>> Biolab@brmlab.cz >>> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab >> _______________________________________________ >> Biolab mailing list >> Biolab@brmlab.cz >> http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab > > > > -- > http://chidori.or.cz > "I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double Helix > _______________________________________________ > Biolab mailing list > Biolab@brmlab.cz > http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab _______________________________________________ Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
-- http://chidori.or.cz "I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double Helix _______________________________________________ Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
-- http://chidori.or.cz "I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double Helix _______________________________________________ Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
-- http://chidori.or.cz "I was twenty-five and too old to be unusual." James Watson, The Double Helix _______________________________________________ Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab
_______________________________________________ Biolab mailing list Biolab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/biolab