2013/9/26 Petr Baudis <pasky@ucw.cz>

Ahoj!

On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
> v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear)
> vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
>
> Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant
> by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v
> literatuře, primery navrhnout.

Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam
tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne
spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA,
kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v
podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere
se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze
zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho
musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste
dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)

no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený

s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal,

že si to nechá nejdříve předvést

> Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního,
> nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím,
> že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.

Co je to barcoding?

s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu)

a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy