Ahoj, mozna trochu trolovaci, ale vazne mineny dotaz: kdyz mame primery, jsou i secundery, tercery, ...?
sachy
---------- Původní zpráva ---------- Od: Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com Datum: 26. 9. 2013 Předmět: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
"
2013/9/26 Petr Baudis <pasky@ucw.cz(mailto:pasky@ucw.cz)> " Ahoj!
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
" no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený
s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal,
že si to nechá nejdříve předvést
"
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco
univerzálního,
nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si
myslím,
že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Co je to barcoding?
" s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu)
a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy
K
_______________________________________________ Brmlab mailing list Brmlab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab"