-------- Forwarded Message -------- Subject: [Is-l] prednaska o genomice - ctvrtek 25.6. od 10:00 v S8 Date: Thu, 18 Jun 2015 11:41:03 +0200 From: Petr Gregor gregor@ktiml.mff.cuni.cz To: globaleye-submissions@nsalitomerice.cz

Vážené kolegyně, vážení kolegové,

dovoluji si Vás pozvat na přednášku

"M o d e r n i t r e n d y v b i o i n f o r m a t i c e a g e n o m i c e",

kterou přednese Petr Daněček z Welcome Trust Sanger Institute ve čtvrtek 25.6. od 10 hod v posluchárně S8.

Přednáška se bude věnovat zejména algoritmickým výzvám při zpracování a následném zkoumání dat ze sekvencování DNA. Na příkladu modifikované Burrows-Wheelerovy transformace ilustruje přínos kompresních metod v této oblasti. Přednáška nepředpokládá žádné speciální znalosti z bioinformatiky a je vhodná pro širokou informatickou obec (a zejména pro doktorandy) se zájmem o bioinformatiku, datové struktury, kompresi, či zpracování velkých dat.

Srdečně se těší, Petr Gregor

=================================================== Petr Daněček, Ph.D.

Je absolventem informatiky na MFF UK. Po doktorátu z biofyziky na ÚOCHB AV ČR působil na UTMB, University of Texas Medical Branch. Od roku 2009 pracuje ve Welcome Trust Sanger Institute se sídlem v Cambridge, UK, jedné z nejvýznamějších světových institucí pro sekvencování DNA a genomiku. WTSI například sekvencovala největší část prvního lidského genomu, který zůstal nepatentovaný a veřejně přístupný díky vlivu WTSI. V poslední době WTSI zpřístupnila vědecké komunitě např. genom viru Ebola nebo koronaviru MERS.

=================================================== Abstract:

Genomika je mladý interdisciplinární obor, který byl umožněn rozvojem sekvenačních technologií v posledních letech. Díky prudce klesajícím cenám a rychle rostoucímu výkonu se stává sekvenování DNA stále dostupnější. Genomika nachází nepřeberné množství aplikací jak v základním, tak aplikovaném výzkumu, a již dnes se začíná uplatňovat v klinické medicíně.

Množství dat produkované moderními sekvenátory je však závratné a novým limitujícím faktorem začíná být výpočetní kapacita. Hledají se proto nové algoritmické přístupy pro efektivní zpracování a analýzu dat. V semináři představím základní úlohy řešené v genomice a pokusím se demonstrovat, že genomika (a bioinformatika obecně) nabízí zajímavé problémy, ukáži příklad nečekané renesance jednoho kompresního algoritmu v kontextu bioinformatiky, a zmíním současné oblasti aktivního výzkumu v tomto perspektivním oboru.