Ahoj,
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Asi by bylo zajímavý mít nějaké primery pro detekci lidských alel, ale osobně se mi moc nechce do ničeho, co má zdravotní implikace. Přinejmenším vážné zdravotní implikace.
Hodně primerů by bylo potřeba na detekci původu masa v potravinách - prase, kráva, kůň, pes, kočka, krysa... atd :) Možná by byly zajímavé primery na detekci druhů ryb, protože tam se myslím podvádí hodně :) Ale nevím, zda by nás pak nepřešla chuť k jídlu :)
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního, nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím, že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Detekci pohlaví papoušků odkládám na pokročilejší doby, to nebude úplně jednoduchý :)
Nápady sem :)
Jakub "Kyknos" Friedl
Ahoj!
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního, nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím, že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Co je to barcoding?
2013/9/26 Petr Baudis pasky@ucw.cz
Ahoj!
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme
(grant
by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo
čerstvě obeznámený s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal, že si to nechá nejdříve předvést
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco
univerzálního,
nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si
myslím,
že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Co je to barcoding?
s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke
skupiny organismu) a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy
K
Ahoj, mozna trochu trolovaci, ale vazne mineny dotaz: kdyz mame primery, jsou i secundery, tercery, ...?
sachy
---------- Původní zpráva ---------- Od: Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com Datum: 26. 9. 2013 Předmět: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
"
2013/9/26 Petr Baudis <pasky@ucw.cz(mailto:pasky@ucw.cz)> " Ahoj!
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
" no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený
s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal,
že si to nechá nejdříve předvést
"
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco
univerzálního,
nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si
myslím,
že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Co je to barcoding?
" s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu)
a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy
K
_______________________________________________ Brmlab mailing list Brmlab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab"
Spis bych se na vyraz PRIMER dival z pohledu matematickeho vyznamu. Slysel jsi uz nekdy o druho-cislech a treto/treti-cislech? :-D
(Detrollification)
From: brmlab-bounces@brmlab.cz [mailto:brmlab-bounces@brmlab.cz] On Behalf Of cored.coder@gmail.com Sent: Thursday, September 26, 2013 1:38 PM To: Brmlab: Hackerspace Prague (main discussion) Subject: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
Ahoj, mozna trochu trolovaci, ale vazne mineny dotaz: kdyz mame primery, jsou i secundery, tercery, ...?
sachy
---------- Původní zpráva ---------- Od: Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com Datum: 26. 9. 2013 Předmět: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
2013/9/26 Petr Baudis pasky@ucw.cz
Ahoj!
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený
s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal,
že si to nechá nejdříve předvést
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního, nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím, že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Co je to barcoding?
s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu)
a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy
K
_______________________________________________ Brmlab mailing list Brmlab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab
=
On Thu, Sep 26, 2013 at 09:56:11PM +0200, George Blackhead wrote:
Spis bych se na vyraz PRIMER dival z pohledu matematickeho vyznamu. Slysel jsi uz nekdy o druho-cislech a treto/treti-cislech? :-D
<troll> Samozrejme. http://necyklopedie.wikia.com/wiki/Druho%C4%8D%C3%ADslo </troll>
Stevko
(Detrollification)
From: brmlab-bounces@brmlab.cz [mailto:brmlab-bounces@brmlab.cz] On Behalf Of cored.coder@gmail.com Sent: Thursday, September 26, 2013 1:38 PM To: Brmlab: Hackerspace Prague (main discussion) Subject: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
Ahoj, mozna trochu trolovaci, ale vazne mineny dotaz: kdyz mame primery, jsou i secundery, tercery, ...?
sachy
---------- Původní zpráva ---------- Od: Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com Datum: 26. 9. 2013 Předmět: Re: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
2013/9/26 Petr Baudis pasky@ucw.cz
Ahoj!
On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote:
v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.
Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.
Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste dockate od chido na hackathonu v sobotu. :)
no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený
s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal,
že si to nechá nejdříve předvést
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního, nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím, že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.
Co je to barcoding?
s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu)
a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy
K
Brmlab mailing list Brmlab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab
=
Brmlab mailing list Brmlab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab
Jednou jsem dělal pokus na náchylnost člověka na podlehnutí HIV - fyzicky se měří délka jakýchsi příchytek na T-lymfocytech, kam se ty viry chytají. Bylo to zajímavé, heterozygoti vychází asi v 10% případů a zdravotně je to celkem nezávadné (jen má někdo radost že by přežil tak o pět let dýl :) Co vy na to? Dále se dá testovat (dle jakéhosi genu), zda byla rostlina geneticky upravována či ne. Z toho nás ale taky asi celkem přejde chuť :) A potom primery na lidskou DNA používané na místa trestného činu. Zatím PS: a o žádných terciérech či sekundérech opravdu nevím :) ______________________________________________________________
Od: Jakub Friedl jakub.friedl@gmail.com Komu: "Brmlab: Hackerspace Prague (main discussion)" brmlab@brmlab.cz Datum: 26.09.2013 01:40 Předmět: [Brmlab] Biolab: PCR Primery RFC
Ahoj,v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) vyhrazená pro nákup primerů pro PCR.Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme (grant by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v literatuře, primery navrhnout.Asi by bylo zajímavý mít nějaké primery pro detekci lidských alel, ale osobně se mi moc nechce do ničeho, co má zdravotní implikace. Přinejmenším vážné zdravotní implikace.
Hodně primerů by bylo potřeba na detekci původu masa v potravinách - prase, kráva, kůň, pes, kočka, krysa... atd :) Možná by byly zajímavé primery na detekci druhů ryb, protože tam se myslím podvádí hodně :) Ale nevím, zda by nás pak nepřešla chuť k jídlu :)
Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco univerzálního, nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si myslím, že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede.Detekci pohlaví papoušků odkládám na pokročilejší doby, to nebude úplně jednoduchý :)Nápady sem :) Jakub "Kyknos" Friedl
----------
_______________________________________________ Brmlab mailing list Brmlab@brmlab.cz http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab
-
cored.coder＠gmail.com -
George Blackhead -
Jakub Friedl -
Petr Baudis -
Stevko -
tomtom.klima＠centrum.cz